La parte centrale del secondo "Discorso", è il tema della conoscenza, dove Amaduzzi attua una sintesi tra sensismo, Cartesio e Pascal [pp. 15-17]. La sensazione è il punto di partenza di ogni atto del conoscere, ma l'attività unificante e critica della riflessione sulla realtà, tocca al pensiero, inteso come l'"azione dell'intelletto" che medita sulle immagini ricevute. Anima e cervello sono i due canali che in "intima unione" forniscono al pensiero rispettivamente idee ed immagini che vengono confrontate tra loro, per ricavare la verità mediante dei giudizi. Attraverso questo processo, "l'uomo giunge così a conoscere la sua esistenza" ("Cogito, ergo sum", aveva detto Cartesio), e "mentre si vede dotato della potenza di pensare… si riconosce per la più eccellente creatura; e quando risente la limitazione del suo intendimento, e delle sue facoltà, forz'è, che si confessi la più misera" (è, ripreso all'incontrario il pensiero pascaliano sull'uomo che "è una canna, la più debole della natura, ma è una canna pensante").

Questa Filosofia non soltanto insegna la verità della Scienza, ma educa anche a quel senso di "umanità" e alla "civile tolleranza" che sono "diramazioni legittime della Cristiana carità", rafforzando "il patto sociale" e migliorando le condizioni di vita degli Stati [pp. 10-11]. Dall'accordo tra Filosofia e Religione, secondo Amaduzzi, discendono quelle riforme che mutano la società, e che "onorano e l'umanità, e la Religione insieme" [p. 11]. Il tema delle riforme è vivo in quegli anni, nello Stato della Chiesa: Pio VI (1775-99), tentò un'opera di rinnovamento nel campo agricolo ed in quello finanziario.

La Filosofia conosce "nella natura alcuni rapporti fra gli uomini" [p. 25], la cui scienza forma l'etica. La coscienza ci detta le regole secondo ragione da seguire nel nostro comportamento, culminanti nel "gran principio della morale, fondato nel non fare ad altri ciò, che non si vorrebbe per se medesimo" [pp. 27-28]. Il rispetto dei diritti altrui è quel principio di giustizia che costituisce la regola del "patto sociale", e che contribuisce "alla pubblica felicità" [p. 28]. I dove