Questa "miglior Filosofia" ha iniziato a combattere contro l'"irragionevole autorità" ed il "cieco dispotismo" che caratterizzano la cultura del XVII secolo. L'esempio italiano dei Lincei è stato poi ripreso nel resto d'Europa (a Parigi nel 1638, a Londra nel 1662), sempre con lo "stesso fine glorioso di porre sul trono la verità, e la ragione" [p. 18].

La filosofia è una scienza "sperimentale" [p. 6], che ci mostra "essere la semplicità il carattere della natura" [p. 29]. A questa semplicità deve ispirarsi anche l'attività letteraria. Per tale motivo, Amaduzzi rifiuta il "ridicolo ammasso di metafore, e quella gonfiezza di stile, che or dicesi seicentismo" [corsivo nel testo, p. 23].

Sul piano filosofico, il primo "Discorso" vuol confutare superstizioni ed errori, in base al principio di ragione. In campo letterario, condanna pedantismo ed imitazione in nome del "buon gusto". Il concetto di "buon gusto" è una categoria critica già presente in Muratori, in un saggio del 1708 (Riflessioni sopra il buon gusto…), dal quale Amaduzzi ricava anche altri due aspetti di questo primo "Discorso": il tema dell'importanza delle Accademie, e la critica alla cultura barocca.

Amaduzzi definisce la Filosofia "dono prezioso del cielo", per sottolineare che non esiste nessuna contraddizione tra ragione e Religione [p. 21], i "due lumi" che "assistono l'uomo", come si legge nel secondo "Discorso" (1778, La Filosofia alleata della Religione), nel quale l'autore spiega che, se la ragione "insegna di dubitare", tuttavia non si può procedere sempre "dubitando in tutto". Amaduzzi così critica il "dubbio metodologico" che Cartesio aveva riassunto in queste parole: "…considerando che gli stessi pensieri, che noi abbiamo quando siam desti, possono venirci anche quando dormiamo…, mi decisi di fingere che tutto quanto era entrato nel mio spirito sino a quel momento non fosse più vero delle illusioni dei miei sogni".

La Religione, spiega Amaduzzi, domina un territorio all'interno del quale la ragione deve sottomettersi [p. 6]. Però, la stessa Religione ha bisogno della ragione. È questo l'aspetto più illuministico di Amaduzzi: "Se si rinuncia ai principi della ragione, la nostra Religione diverrà ben presto assurda e ridicola" [p. 7]. È la Filosofia che mostra "colle sue sagge analisi i giusti confini" tra cose divine ed umane. L'indagine filosofica riguarda soltanto i "fenomeni della natura", e non tocca i "celesti misteri", adorando "l'onnipotenza del grand'Autore della stessa natura". Per questo, la Filosofia non è "la fonte delle eresie, e la sorgente dell'irreligione" [p. 13]. Purtroppo, "il falso zelo" ha fatto le sue vittime, come Galileo [pp. 14-15]. La Filosofia a cui Amaduzzi pensa, è quella che segue "lo spirito riformatore dell'immortale Bacone" [1561-1626, è del 1620 il Novum Organon, dove si parla degli idòla, complessi di dottrine erronee e di superstizioni, che bloccano la via per la verità]. È la stessa Filosofia che ha introdotto "la più regolata analisi della mente umana", per conoscerne limiti e capacità [p. 10]. Tale Filosofia (con Cartesio, Galileo e Newton), "sbandì tutto il meraviglioso, tolse i prestigi dell'ignoranza, detronizzò la superstizione…, seppe discuoprire le forze della natura, e spiegarne gli arcani, e i fenomeni più astrusi".